微生物肥料的功效主要是與營養(yǎng)元素的來源和有效性有關(guān)，或與作物吸收營養(yǎng)、水分和抗病有關(guān)，概括起來有以下幾個方面：

　　1.培肥地力，這是微生物肥料的主要功效之一。如各種自生、共生的固氮微生物，可以增加土壤中的氮素來源；多種解磷、解鉀微生物的應(yīng)用，可以將士壤中難溶的磷、鉀分解出來，從而能為作物吸收利用。微生物菌肥施入土壤后，能快速繁殖并能形成活力強大的益生菌群，從根本上改善了土壤及根系周邊的生態(tài)結(jié)構(gòu)，使得多年使用化肥板結(jié)的土壤疏松透氣，吸收空氣中的氮并形成“生態(tài)氮肥” ，將多年沉積于土壤中的無效死磷死鉀激活，讓植物根系吸收。

　　2.增強抗逆性。微生物肥料除了傳統(tǒng)肥料的增產(chǎn)增收效果外，還可以減輕作物病害。這主要有以下三個方面的原因：

　　一是肥料中的有益微生物生長繁殖，在作物根際土壤微生態(tài)系統(tǒng)內(nèi)形成優(yōu)勢種群，抑制其他有害微生物的生長繁殖，甚至對部分有害病原菌產(chǎn)生拮抗作用，減少了有害微生物的危害機會。

　　二是有益微生物在生長繁殖過程中向作物根際土壤微生態(tài)系統(tǒng)內(nèi)分泌各種代謝產(chǎn)物，這些代謝產(chǎn)物能夠刺激作物生長，提高作物抵抗不良環(huán)境的能力。

　　三是在植物受到病害、凍害、干旱、衰老等逆境時，施用微生物肥料其所含的菌種能誘導(dǎo)作物產(chǎn)生超氧化物歧化酶，消除因逆境而產(chǎn)生的自由基，從而提高作物的抗逆性，減輕病害。

　　3.提高品質(zhì)早熟高產(chǎn)。微生物肥料能激發(fā)土壤中固定的鉀、鈣、鋅等中微量營養(yǎng)元素。這些元素能供給作物微生物菌肥能產(chǎn)生植物激素類物質(zhì)刺激作物生長。許多用作微生物肥料的微生物還可產(chǎn)生植物激素類物質(zhì)，能刺激和調(diào)節(jié)作物生長，使植物生長健壯，營養(yǎng)狀況得到改善。一般可使經(jīng)濟作物增產(chǎn)30%以上，大田作物增產(chǎn)7~10%或以上。

　　科學(xué)家通過研究發(fā)現(xiàn)，微生物具有把氮氣固定住的神奇功能，能把空氣中的自由態(tài)氮轉(zhuǎn)化成作物可吸收利用的有效態(tài)氮。另外，微生物中的磷、鉀細菌能分解土壤中固定的磷、鉀元素，并把它們釋放出來，供作物利用。那些繁殖飛快的有效菌還能刺激作物的生長，起到防病作用。于是，科學(xué)家選育出能夠人工培養(yǎng)的有益微生物，通過工業(yè)發(fā)酵生產(chǎn)出微生物活體制品,可以直接用于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)。微生物肥料就是以微生物生命活動導(dǎo)致農(nóng)作物得到特定的肥料效應(yīng)，達到促進作物生長或產(chǎn)量增加或質(zhì)量提高的一類制品。